Hola
Tiene Pila cmos ese mother? porque estoy viendo y el conector de la bateria tiene un pin RTC va a +BAT_RTC y esta pone en alto RTC_RST# (saca el mother del estado reset) pero también una una bornera de pila cmos (pagina 13).
Con respecto colocar un diodo en el segundo mosfet nunca lo he visto, tene en cuenta que van a circular mas de 2A cuando este cargando y funcionando, sera un diodo importante. He visto mothers con el 2do mosfet punteado y tienen problema de carga de batería., claro les funciona bien mientras el dueño no tenga la batería o la batería este muerta, cuando compran una batería nueva empiezan los problemas.
Siguiendo con cambiar el mosfet pq56 esto no producirá que la bateria se siga cargando ya que de eso se encarga el BQ con los mosfet Pq59/61, ademas pq55 es el que se encarga, junto a el BQ, en corta la bateria hacia la linea +VIN cuando el cargador esta conectado.
Digamos podes hacerlo como parte de pruebas.
Saludos